世界上最早提到的病毒感染案例可以追溯到古埃及时代。古埃及人首先记载过狂犬病的发病，并且认为它是由一种狗携带的致病物质引起的。
小儿麻痹症也是由病毒引起的，会导致下肢变形，甚至瘫痪。小儿麻痹症也可以在古埃及的绘画中看到。
此外，天花也可以在南美和中美洲的历史文献中找到踪影。
人类和病毒斗争的历史已有千年。
清代的《痘科金镜赋集解》中记载说：闻种痘法起于明朝隆庆年间（公园1567~1572）宁国府太平县（今安徽太平）......由此蔓延天下。
现代病毒学始于1798年詹纳的实验，詹纳无意中发现接触过牛痘的人将不再患天花。于是他开始为人们接种牛痘，来防治天花，这时人类历史上第一次通过免疫疫苗的形式来对抗传染病。
由于技术条件的限制，詹纳未能发现牛痘或者天花的病原体是一种病毒以及其中的免疫原理。
“科赫三原则”：
第一条：每种疾病都是由特定的病原体造成的；
第二条，能在病人身上找到这种病原体，并分离、培养、纯化；
第三条：把这种病原体放到健康的动物身上也能引出相同的症状和病理特点。
而病毒并不具备所有这些条件。
1882年，巴斯德开始研究狂犬病，证明病原体存在于患兽唾液及神经系统中，并于1889年制成病毒活疫苗，成功地帮助人获得了该病的免疫力，他还指出这种病原物是某种可以通过细菌滤器的“过滤性的超微生物”。
1886-1898年——这段时期是发现病毒的时期。
1886年，麦尔（Mayer）把患有花叶病的烟草植株的叶片泡在水中，并研磨碎，并将其注射到健康烟草的叶脉中，他发现健康烟草也会患上花叶病，当时，他认为病原体是一种细菌。
1892年，俄国的伊万诺夫斯基（Ivanowski）证实了麦尔的实验结果。他进一步将花叶病叶泡水汁液通过细菌过滤器，试图寻找致病细菌，却发现经过过滤的汁液仍然具有致病性。
1898年，荷兰细菌学家贝杰林克（Beijerinck）重复上述烟草叶实验，得到了同样的结果。他认为这种致病因子不是细菌，而是一种新的物种，称之为“有感染性的活的流质”。并取名为“病毒”，拉丁文名为“Virus”。
同年，德国细菌学家勒夫勒（Loeffler）和费罗施（Frosch）报道了引起牛口蹄疫病的致病原也是一种可通过细菌过滤器的媒介。
捕获病毒
1913年，英国细菌学家埃尔福德（Elford）研制出了一种能够过滤病毒的胶体薄膜，并发现病毒的大小大约只有1纳米。携带病毒的溶液，通过过滤薄膜后便不会致病，而过滤残留物溶解后仍具有致病性。
1915年，图尔特（Twort）研究发现一种病毒可以在细菌培养中生长，他称之为噬菌体。第一次世界大战之后，图尔特放弃了这项工作。
1917年，加拿大人德赫勒(D’Herelle)再次发现了类似的噬菌体，并予以报道。
1931年，德国工程师厄恩斯特·鲁斯卡和马克斯·诺尔发现了电子显微镜技术，使第一批病毒图像成为可能。
1935年，美国生物化学家、病毒学家温德尔·斯坦利检测了烟草花叶病毒，发现它主要由蛋白质构成。不久之后，这种病毒被分离成蛋白质和RNA部分。烟草花叶病毒是第一个被结晶的病毒，其结构可以被详细阐明。
从1938年到1970年，病毒学飞速发展到分子生物学。
1952年，赫尔希和蔡斯证明，是核酸部分导致了病毒的传染性，并携带其遗传物质。
1954年，沃森和克里克发现了DNA的确切结构。
1949年，安德列·利沃夫发现病毒在染色体上表现为细菌基因，并发现了基因诱导和抑制的操纵子模型。1957年，利沃夫将病毒定义为具有感染性且仅有一种核酸的潜在致病性实体，与它们的遗传物质一起繁殖，并且不能进行二分裂。
1931年，美国病理学家恩斯特·威廉·古德兰泽在受精卵中培育了流感和其他几种病毒。
1949年，约翰·恩德斯(John F. Enders)、托马斯·韦勒(Thomas Weller)和弗雷德里克·罗宾斯(Frederick Robbins)在培养的人类胚胎细胞中培育出脊髓灰质炎病毒，这是第一种不用固体动物组织或卵子就能培养出的病毒。这使得乔纳斯·索尔克能够制造出一种有效的脊髓灰质炎疫苗。
在20世纪80年代病毒基因克隆技术的发展，病毒基因组测序成功。
至此，人类才真正完全认识病毒。
