iOS 9.3最重要的更新就是新增了Night Shift功能，可以让你的设备根据地理位置和时钟来判定日出日落时间，进而改变屏幕色温。之前的iOS设备是不可以调整色温的，这项功能的本质是增减蓝光，如果夜间长时间盯着屏幕有可能导致睡眠出现问题，降低蓝光有助于阅读和夜间使用。
还增加了安全Notes功能，用户可以将某些笔记隐藏，需要使用Touch ID和密码才能打开。
支持多用户模式，可以多人使用一台iOS设备，主要是针对家庭和学生用户的（教育）。
另外，苹果针对CarPlay进行了提升，调整了音乐服务以及新闻服务，健康程序将使用新的控制面板等等。
